Comenzó su carrera en el São Paulo FC durante la temporada de 1997, en el equipo brasileño disputó 11 encuentros hasta julio de 2000. Momento en el que fichó por el Celta de Vigo de la Primera División de España.
Debutó frente al Real Oviedo el 22 de noviembre del año 2000. Desde su llegada al club gallego fue un pieza fundamental para sus entrenadores, siendo titular indiscutible tanto en liga como en copa. También disputó durante tres años seguidos la Copa de la UEFA y en el 2003 la ansiada Liga de Campeones.
En 2004 fichó por el Real Betis donde jugó 39 partidos, marcó 12 goles y dio 10 asistencias, en su primera temporada en el club verdiblanco. Esa temporada fue una de las mejores del club sevillano, conquistó su segunda Copa del Rey frente a Osasuna por 2-1 en la final, y se clasificó por primera vez en su historia para la Liga de Campeones.
En la temporada 2006/07 dos goles suyos frente al Racing de Santander en la última jornada salvó al Betis del descenso a la Segunda División de España.
Edu se ha convertido en uno de los principales referentes del equipo sevillano, a partir de sus goles y actuaciones, como los importantes goles que ha marcado en la temporada 2007/08 al Real Madrid y al FC Barcelona que contribuyeron a grandes victorias épicas (en forma de remontadas) que han servido como salida de la zona de descenso en la que el equipo se encontraba en la última temporada.En agosto de 2009 se marcha al Internacional de Porto Alegre, tras el descenso del equipo sevillano.[
